Przyblizam swoja mysl ;-)
Sciagasz i instalujesz nLite. Sciagasz sterowniki SATA do swojej plyty glownej (czasem producenci umieszczaja je w archiwach, razem ze sterami do Windowsa, a nie jako osobne pliki do instalacji Windows). Sciagasz SP3 dla swojej wersji Windowsa (np. polski, 32-bit Home). Wkladasz oryginalna plyte z Windowsem do czytnika. Uruchamiasz nLite, wybierasz integracje sterownikow (i wskazujesz ich lokalizacje) oraz SP3 (to samo). Po chwili masz gotowy obraz ISO do wypalenia na plycie. Wypalasz. Wylaczasz komputer. Wyjmujesz dysk ATA. Podlaczasz czysty dysk SATA. Bootujesz komputer z wypalonej plytki. Wlaczasz instalatora. Windows sie instaluje... i to wszystko na dysku SATA. Po instalacji podpinasz dysk PATA i kopiujesz pliki, ktore Ci sa potrzebne. Od tej pory masz dysk SATA jako startowy, i bez badblockow. Plytke zachowujesz.
To tak w skrocie. W praktyce wypadaloby jeszcze zrobic kopie ustawien i upewnic sie, ze na dysku SATA nie ma zadnych potrzebnych danych.