Ogólnie NTFS pod każdym niemal względem wyprzedza Fat32. Pozwala na dużo więcej, min. na obsługę dużych partycji i plików ponad 4 GB, wprowadza prawa dostępu, księgowanie, szyfrowanie itd. ExFat z kolei powstał dlatego, że NTFS jest jednak dla pamięci typu Flash nieco zbyt skomplikowany, co powoduje obniżenie ich wydajności. Jest więc czymś pośrednim pomiędzy prostotą Fat32 i zaawansowaniem NTFS.
Minusem zarówno NTFS jak i ExFat jest fakt, że starsze systemy operacyjne niż XP ich nie obsługują. Wydawało by się, że to żadne ograniczenie, ale stary poczciwy Fat32 nadal się przydaje choćby po to żeby zrobić bootowalnego pendrive'a. Taki pendrive zadziała nam praktycznie na każdym komputerze, który posiada opcję usb boot i w przypadku większości systemów operacyjnych. Pendrive w Fat32 podłączymy z sukcesem także do wielu urządzeń posiadających złącza usb typu drukarka, po to np. żeby wydrukować bezpośrednio z niego zdjęcia, bowiem duża część z takich urządzeń obsługuje tylko Fat32.
