Nie ma problemu, możesz podłączyć dwa dowolne molexy do przejściowki. Owszem zaleca się, żeby byly to dwa molexy z osobnych lini, a to dlatego że wtedy sumują się natężenia i przejściówka jest w stanie dać większy prąd na kartę. W Twoim przypadku prąd się najpierw rozdzieli na molexach, a potem na powrót połączy w przejściowce, więc nie będzie tego efektu, ale sam mam w ten sposób podłączoną przejściówkę do mojego GTX560 i nic się nie dzieje. Powinno być ok.
Tak na marginesie: mój znajomy ma MSI 560 Ti TwinFrozr3, Boże jak to cholerstwo wyje. Ja mam EVGA GTX 560 i też suszy aż miło. Jeśli zamierzasz kupić GTX 560 lub Ti to bierz Gigabyte z chłodzeniem WindForce lub Asusa z DC II. Są w miarę ciche.