na poszczególnych pinach nie musi sprawdzać napięcia, bo jemu napięcie na 3,3V nie jest potrzebne tylko na 12, bo z niego korzysta procek (do wrotek_poz, a nie zdarzyło ci się podłączać 4 lub 4+4pin do procka - to taki dodatkowy/e kabelek/ki, który się podpina koło gniazda procesora do mobo - nie prowadzaj w błąd, to że na procku jest do ~2V to nie znaczy, że musi z takiej lini procek korzystać). Sprawdzić może na molexie napięcie to w zupełności wystarczy, przewody w zasilaczu są takie krótkie, że spadki napięć będą pomijalnie małe, więc można przyjąć, że zmierzone napięcie w 1 molexie panuje na "głównym" wyjściu zasiłki.
Napięciem chwilowo się nie przejmuj, po oc wtedy się bardziej przejmuj. Norma ATX z tego co pamiętam to zakłada 11,4 - 12,6 i jak się w tej normie zawiera to nie masz co panikować.