Ja tez mam kilka partycji na macierzy, jedna dla XP, a druga dla Win7. Jak pisalem - Win7 rozsiewa swoje pliki po innych partycjach - byc moze jest to typowe dla multiboot - u mnie dodatkowo Win7 zmienil sobie literki (pomimo, ze pierwsza partycja jest C z XP, to dla Win7 C musi byc partycja trzecia, na ktorej instalowalem "siodemke"). Pliki (i katalogi) startowe, o ktorych piszesz, znajduja sie u mnie na partycji z Windowsem XP i nic na to nie poradze.
Mozesz usunac poprzednia instalacje Windowsa 7 (jesli jej nie potrzebujesz) oraz jej pliki startowe, ale musisz byc pewien, ze naleza one do starej instalacji. Wpisy w bootmenu usuniesz programem EasyBCD.
Moznaby sprobowac - ale lojalnie uprzedzam, ze nie probowalem tego sam robic i nie wiem, jakie beda skutki - po usunieciu (prawidlowym) drugiego Windowsa i resecie, skasowac pliki i katalogi rozruchowe, po czym programem EasyBCD (moze byc uruchomiony zawczasu na wszelki wypadek) nadpisac MBR, zreinstalowac Vista Bootloader (Manage Bootloader) oraz przywrocic skasowane pliki systemowe (Recreate missing/deleted boot files z Diagnostic Center).