Z Twojego opisu wynika że wcale nie bootujesz z CD/Pendrive. To że wybierasz dany napęd wcale nie oznacza, że następuje z niego rozruch. Może zamiast wyciągać pochopne wnioski sprawdź czy dobrze przygotowałeś nośnik z Winowsem.
Najprostszym sposobem będzie jak podłączysz swój pendrive do innego komputera - jeśli uruchomi się instalator (w co wątpię) to jest ok. Jeżeli wystartuje Windows to znaczy, że ten pendrive został źle przygotowany.
Pozdrawiam