Napisz bardziej szczegółowo, co za dane chcesz organizować, jakie zadania chcesz automatyzować i o jaką komunikację ci chodzi.
Dane zwyczajowo organizuje się programami do "baz danych", gdzie różniste wpisy (rekordy) są wiązane nawzajem ze sobą na różne sposoby po to żeby potem łatwiej wyszukać coś. Ja się na tym nie znam, ostatnio 2 lata temu ręcznie poprawiałem bazę digiKam-a, jak po upgradzie przestał rozpoznawać kolekcję zdjęć, bo coś miałem niestandardowo zrobione.
Do automatyzacji zadań służy np. program "make" i pliki konfiguracyjne "Makefile". W większości przypadków stosuje się to do kompilowania programów (gdy jest kilka plików w projekcie), ale można też zaprogramować różne inne zadania zależne od siebie.
Inny rodzaj automatyzacji zadań to np. "cron" pod Linuksem, który regularnie uruchamia zaplanowane zadania.